水工研究所是集科研、设计、咨询于一体的综合性研究所，曾先后为国内外三十多个港口、二十多个大型滨海热电厂和核电站，以及其他海岸工程完成了几百项物理模型试验及数学模型试验，为我国港口、滨海电厂及核电站的规划设计、可行性研究、方案论证、工程建设，以及港口与电厂的安全运营做了大量的研究工作。
水工研究所坚持应用基础理论的研究，承担了国家“九五”攻关项目“深水航道对波浪传播与变形影响规律的数学模型试验研究”；交通部重点科技项目“建筑物周围波浪传播变形及海床演变数学模型理论及应用究”；中交集团科技项目“深水曲面胸墙沉箱混合堤的开发与研究”等一大批国家级、省部级科研项目。此外，还参与了《波浪模型试验规程》、《海岸河口潮流泥沙模拟技术规程》的编写。这些研究成果直接应用于工程建设实践，产生了巨大的经济效益和社会效益，为推动港口、海岸及近海工程学科的建设与发展作出了贡献。